In Nederland is de meerderheid van de Fell Pony’s zwart van kleur. Daarnaast komen ook andere kleuren voor: donkerbruin, lichter bruin met zwarte manen en staart en grijs. Incidenteel worden er voskleurige pony’s geboren. Deze kleur wordt door het moederstamboek, de Fell Pony Society, niet erkend. Om die reden worden voskleurige dieren in het register opgenomen.
In incidentele gevallen kunnen er twijfels zijn over de kleur van een pony. In dat geval wordt geadviseerd om een DNA onderzoek te doen om de definitieve kleur te bepalen. Dit kan bij hengsten als verplichting worden opgelegd indien zij een deklicentie willen verkrijgen en er onduidelijkheid is over de kleur.
Een DNA onderzoek t.b.v. het vaststellen van de kleur kan plaatsvinden via het Van Haeringen Laboratorium. Meer informatie is op te vragen bij het NFPS via info@nfps.nl.